東芝の不正会計問題にからみ、金融庁は東芝の会計監査を担当した新日本監査法人に対して、監査で必要な注意を怠り虚偽の監査証明をしたとして、公認会計士法に基づき、課徴金21億1100万円の納付と新規契約業務の3か月停止（16年1～3月）、業務改善を命じる処分を、2015年12月22日に下した。東芝の監査を担当した公認会計士7人にも1～6か月の業務停止命令を出した。
課徴金の納付命令は、カネボウの粉飾決算事件を受けて公認会計士法が改正され、課徴金制度が2008年に導入されてから初めてとなる。課徴金は東芝から受けた2年分の監査報酬に相当する。新日本監査法人は2011年に損失隠しが発覚したオリンパスの監査も担当していた。
金融庁は処分理由について、「東芝のガバナンスへの過信が生じ、批判的な検証が十分できなかった」と説明した。
一方、新日本監査法人は「処分を厳粛にかつ重く受けとめ、社会の信頼を一刻も早く取り戻し、監査を通じて資本市場における企業財務内容の開示の信頼性を確保するという社会的責任を果しいきます」とのコメントを発表した。
英公一理事長は16年1月の報酬を50％減額し、1月31日付で退任。東芝の監査を担当した常務理事らが12月21日付で退職。副理事長ら19人は月額報酬を3か月間、最大40％減額するなどの社内処分も公表した。