佐伯啓思さんも「異論」
6月の各大学への通知には「教員養成系学部・大学院、人文社会科学系学部・大学院については（中略）組織の廃止や社会的要請の高い分野への転換に積極的に取り組むよう努めることとする」と書かれていた。このため、文科省は人文社会系学部を廃止対象に含んでいる、として非難され、ウォールストリート・ジャーナル紙など海外まで話題が広まった。
のちに文科省は、廃止という言葉は教職免許状の取得を卒業要件としない「ゼロ免課程」にかかるものであり、人文社会系学部を廃止するつもりはない、として誤解だと釈明したが、通知の撤回は行っていない。
真っ先に「人文・社会科学の軽視は大学教育全体を底の浅いものにしかねない」と反発の声を上げたのが日本学術会議会長の大西隆さんだ。文科省の釈明を受けて個人としては通知を理解したとしながらも、
「通知は国が決定した文書であり内容は重い。文科省は誤解を生まないようもっと国民に広く説明すべきだ」
と8月の産経新聞のインタビューで答えている。また、信州大や三重大などでつくる「国立大学法人17大学人文系学部長会議」は10月27日、「人文社会科学系や教員養成系の学部・大学院について、組織の廃止や転換を迫る方針は変更されておらず、我が国の人的基盤を揺るがしかねない」と抗議の共同声明を文科相へ提出している。
現在のところ、人文社会科学系がある大学の半数を超える33の国立大学で、2016年度以降に人文社会科学系の学部・大学院の組織見直しを計画していることが明らかになっている。そのうち9大学では組織の廃止を予定しており、文系学部の組織改編が一気に進むことは間違いない。
こうした流れの中で11月6日の朝日新聞では、保守派の論客と知られる佐伯啓思・京都大学名誉教授も「短期的な成果主義は無用」との見出して近年の「大学改革」への違和感を述べている。