小型無人飛行機（ドローン）がコントロールできなくなって「行方不明」になる事例が相次ぐなか、2015年4月末にはドローンが東海道新幹線の線路敷地内に落ちるトラブルが起きていたことがJR東海への取材で分かった。ドローンは、線路から至近距離にある慶應義塾大学矢上キャンパス（横浜市港北区）から飛んできた。
15年10月にも広島県尾道市で山陽新幹線の線路にドローンが落ちるトラブルがあったが、深夜の出来事で運行への影響はなかった。これに対して、東海道新幹線でのトラブルは新幹線が運行されている時間帯に発覚。JR東海では、新幹線が来ないタイミングで取り除いたため列車に遅れはなかったと説明しているが、大学内では「大問題」に。半月後には「禁止令」が出た。
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慶大矢上キャンパスのグラウンドの真下には新幹線のトンネル（写真中央）が通っている（国土地理院撮影の空中写真（2007年撮影）をJ-CASTニュース編集部で加工）
「上下線の線路のちょうど真ん中あたり」に落ちる
最近の同じような事故としては、15年9月に、兵庫県姫路市の世界遺産・国宝、姫路城大天守にドローンが衝突。15年10月20日未明には、山陽新幹線でもトラブルが起きた。新尾道駅（広島県尾道市）から約700メートル西の線路敷地内で、線路の保守点検をしていたJR西日本の社員がドローンを発見して警察に通報。線路の中央部から4メートルほど離れた場所に落ちていたという。列車が運行していない時間帯の出来事だったこともあって、列車運行への影響はなかった。同日夕方になって、市内在住の男性会社員が「コントロールがきかなくなった」などとコントローラーを持って警察署に名乗り出ていた。
これに似たトラブルが、山陽新幹線よりもはるかに沿線の人口密度が高い東海道新幹線でも起きていた。矢上キャンパスは理工学部の3～4年生や大学院の理工学研究科の学生が通うキャンパスで、大半の学部の1～2年生が通う日吉キャンパス（横浜市港北区）から徒歩15分ほどの丘の上にある。矢上キャンパスのグラウンドの真下には新幹線のトンネルが通っている。
JR東海の広報部によると、同社がトラブルを把握したのは4月30日15時48分。慶大からJR東海に対して「東海道新幹線線路内にドローンが落下した」という連絡があった。係員が確認したところ、品川駅～新横浜駅間にドローンが落ちているのを発見。品川～新横浜駅間のどの地点に落ちていたかは明らかではないが、「上下線の線路のちょうど真ん中あたり」に落ちていたという。
JR東海では、
「徐行をかけ、安全を確保した上で、列車が来ないタイミングで取り除きました」
と説明。列車の遅れもなかったとしている。