会計検査院は、3年以上入居者のいない職員宿舎が7棟（170戸）あるなど、保有する土地や建物が有効に活用されていないとして、日本年金機構に対して不要な不動産の処分などを検討するよう、2015年10月20日に要求した。国に返納させる法規定がないことから、所管する厚生労働省には法整備を求めた。
会計検査院の調査によると、2014年度末時点で入居者がゼロだった宿舎は全国に13棟（248戸）。このうち北海道と東京、千葉、沖縄にある7棟（簿価で約15億円）は、少なくとも3年以上誰も住んでおらず、入口や窓を板でふさぐなど活用の見込みもなかった。他の4棟についても廃棄予定の書類などを保管していたり、老朽化で取り壊す方針を決めたまま放置されていたり、ほぼ遊休状態だった。4棟の簿価は合計で約7億円。
検査院は「国民の資産であり、不要なら現物や売却金を戻すべきだ」と指摘した。