かつては文科省令に基づくものだった
なぜ京大寮はこんなに安いのか。同大によると、この金額は国立大を所管する文部科学省の省令に基づいて設定されたもので、1988年から据え置かれているのだという。
1961年に出されたこの省令は授業料のほか寄宿料について定めたもので、部屋の広さや単身か世帯用かなどで細かく規定されている。物価などの上昇に合わせ何度か改正があったが、例外として1959～75年に建築された寮は月額700円、1959年3月31日以前に建てられたものは400円とすることが定められた。吉田寮や熊野寮はこれらの規定に該当する。
文科省によると、国立大の独立行政法人化の動きに合わせて2006年に規定は撤廃され、寄宿料は各大学の裁量で定められるようになった。
寮費を変更した大学はあるものの、京大同様、当時の価格を据え置く大学もある。東京大や大阪大、神戸大などでは省令撤廃前の標準値が維持され、京都大ほどではないものの、安い部屋は4000円台だ（光熱費など除く）。
なお、京大は吉田寮の耐震性に問題があることを理由に学生に新棟への移住を促している。経過措置として寮費は現行の400円のままとするとしている。