文部科学省は2015年7月28日、新国立競技場の整備計画を担当していた久保公人スポーツ・青少年局長（58）が辞職し、後任に高橋道和内閣官房教育再生実行会議担当室長（54）が就任するなどの人事を発表した。発令は8月4日付。
久保氏の辞職について、同省は「自己都合」としているが、同局長経験者は他の局長ポストに異動するのが通例。同氏は定年まで1年半以上残しており、定年前に退職ということで、建設計画の白紙撤回を受けての事実上の更迭という見方も出ている。各社報道によると、7月28日午前の記者会見で、下村博文文部科学相は「定期の人事異動で、総合的に判断した」、菅義偉官房長官は「任命権者が総合的に判断し、官邸がそれを了解した」とそれぞれ述べ、更迭かどうかの言及は避けた。
久保氏は2012年1月から現職。新国立競技場の整備に関しては、建設主体である日本スポーツ振興センター（JSC）を所管する同省の責任者として、東京都への総工費の負担要請など、関係者との調整にあたってきた。