当初の計画は総額約8299億円だった
一方、東京都の舛添要一知事は早くから計画の「甘さ」を指摘。東京都が常設会場となる東京オリンピック・パラリンピックの会場整備計画を見直し、バドミントン会場の「夢の島ユースプラザ・アリーナA」とバスケットボール会場の「アリーナB」、セーリング用の「若洲オリンピックマリーナ」（いずれも江東区）の3会場の建設を中止した。
東京都は、五輪招致時には新たに10会場を含む常設会場を1538億円で整備する計画だったが、資材高騰の影響や周辺整備などを含めて約3倍の4584億円に膨らむ見通しとなった。そのため、3会場の建設を取りやめて、約2000億円を圧縮した。
代替施設は、バスケットボールが「さいたまスーパーアリーナ」（さいたま市）、バドミントンは「武蔵野の森総合スポーツ施設」（新設、東京都調布市）。セーリングは「江の島ヨットハーバー」に変更される。
東京都は「基本的には7施設、約1500億円の上限に近づけたいと考えています」と話す。今後、計画が具体的に進む過程で経費が膨らんだとしても、「できる限り（1500億円の）範囲内に抑えたい」と強調。会場のさらなる見直しもあるかもしれない。
とはいえ、国から新国立競技場の建設費用の一部負担を持ちかけられたり、代替地となった江の島ヨットハーバーにしても施設の拡張・改修の程度によっては一部費用を求められたりする可能性もある。費用がかさみそうなことばかりだ。
ちなみに大会施設は、新国立競技場は国が、東京都の常設施設は都が、仮設会場の整備は五輪組織委員会が費用（723億円を拠出）を負担する。
招致段階の詳細な計画を示した「TOKYO 2020立候補ファイル」によると、当初は競技場の運営費など大会運営にかかる予算として3412億円。加えて、競技会場や選手村の建設、東京都内にあるスポーツ施設の改修、セキュリティーや通信インフラ、医療施設の整備などの間接的な費用として4887億円。あわせて8299億円が必要になると試算していた。