2015年6月3日13時25分頃、航空自衛隊のヘリ「CH47」型機が管制官の許可を受けないまま那覇空港の滑走を横切り、すでに滑走路を走行していた新千歳空港全日空（ANA）機（ボーイング737-800型機）が離陸を取りやめるトラブルがあった。直後に滑走路には日本トランスオーシャン航空（JTA）機（ボーイング737-400型機）が着陸しており、衝突事故につながる危険があった。国の運輸安全委員会は、「重大インシデント」に認定し、調査官3人を現地に送って調査を始めた。
ANA機が約3000メートルある滑走路を北から南に向けて滑走を始めた直後に、ヘリが滑走路の南端付近を東から西に向けて横切った。ANA機はヘリに気づき離陸を取りやめ、滑走路に急停止した。
その後、滑走路には新石垣空港から飛来したJTA機が着陸。この時点でANA機はまだ誘導路に入っておらず、JTA機はANA機から数百メートル離れた地点で停止した。ヘリ、ANA機、JTA機ともにけが人はなかった。
管制官はJTA機に着陸のやり直しを指示していた。ただ、JTA側は指示を受けた時にはすでに着陸してエンジンを逆噴射していたと説明している。