沖縄が繰り返し日本の「捨て石」にされることを懸念？
独立論についても、心情的には一定の理解を示した。
「実際上はなかなか簡単でないのは分かるが、それが『ない』ということになると、『沖縄はほっとけ』『そういう決意のないところは、もっと基地置いとけ』ということになると、それは分からない。私たちも生きる権利があるし、尊厳も持っているし、なんで本土の皆さん方は自分のところで基地を預からずに、沖縄に74%も押しつけるのかという（ことと）、日本の国の安全保障は、日本国民全員で負担してくださいよ、と（言いたい）」
ただし、現実的には「仮想敵国からしても、沖縄県だけに押しつけているような日本国の安全保障は、見透かされている」として、沖縄が繰り返し日本の「捨て石」にされることへの懸念を口にした。
「サンフランシスコ講和条約で（本土）切り離されたように、沖縄はもう1回切り離されるんじゃないか。沖縄が独立するというよりは、日本が切り離すんじゃないか。そういった心配の方が、むしろある」
翁長知事は、米国と中国についても言及した。訪米では、辺野古移設が不可能なことをあらゆる角度から訴える。
「絶対に造らせないということを米国には伝えたい。あなた方が決めたからできるというのは間違いですよ、と。あなた方は『日本の国内問題だから、おれたちは知らんよ』と、僕らが行くと必ず言う。ところが、辺野古がだめになったら日米同盟が崩れるということからすると、国内問題ではない」
中国も領有権を主張している尖閣諸島（中国名：釣魚島）については「私も、日本国の固有の領土だと思っている」としながらも、2001年の同時多発テロで沖縄への観光客が大幅に減少したことを理由に、
「石垣観光は今一番順調で、100万人の観光客が来ているが、そこでちょっとしたいざこざがあれば、おそらく100万人が10万人に減ると思う。ですから、尖閣でいざこざは起こしてもらいたくない。何はともあれ平和で我慢して、平和ということの中で尖閣を考えていただかないと...」
などと事態を荒立てないように求めた。