安倍晋三首相は、国立大学の卒業式や入学式での国旗掲揚・国歌斉唱に関して「改正教育基本法の方針にのっとり、正しく実施されるべきではないか」との認識を2015年4月9日の参院予算委員会で示した。
次世代の党の松沢成文氏は、文部科学省の資料から直近の卒業式で国歌斉唱を実施したのは国立86大学のうち14大学にとどまったことを示し、「国歌斉唱に至ってはほとんどの国立大学が実施していない。税金で賄われている以上、国旗掲揚や国歌斉唱は当たり前だ」と発言した。これに対して下村博文文科相は「大学の自主的な判断に委ねられている」と指摘しつつも、「広く国民の間に定着していることなどを踏まえ、各大学で適切な対応が取られるよう要請していきたい」と応じた。朝日新聞によると、文科省は今後、学長が集まる会議や各大学への通知など何らかの形で国旗・国歌の意義を伝え、理解を求める方針。