遺族側は書面と口頭の両方で説明するよう要求
意見対立を解消できなかったのは、院内調査結果の伝え方。遺族側委員は書面と口頭の両方で説明するよう要求してきたのに対し、医療側の委員から「医師個人の（民事・刑事上の）責任追及に使われる」として調査報告書を遺族に提出するのに反対する意見が出ていた。厚労省の原案では、センターへは調査報告書を提出するとした一方、遺族への説明は病院側が「遺族が納得する適切な方法（口頭または書面もしくは双方）により行う」とした。これは、医療機関に、報告書か説明用資料を遺族側に提供することを求める文言といえ、医療側の一部委員がこれに強く反対し、決着しなかった。
これについては、今後の調整でもまとまらなければ、検討会で再び議論するが、山本座長は「調整がつかなければ両論併記になる」と述べており、先行きはなお不透明だ。
指針の表現とは別に、課題が残るのが、実際の院内調査をどう機能させるかだ。都道府県医師会や大学などが支援団体として第三者機関と連携し、院内調査に関与する仕組みとされている。院内調査を人員面や技術面で支援し、中立性を確保するのが支援団体の役割になるが、学閥など、調査に関わる医師と事故を起こした医師の関係によって、情実で調査が甘くならないか、懸念する声もある。