取ってつけたような展開が続き、矛盾だらけだと批判
最終回のストーリーは要約するとこんなものだった。
甲斐は3年くらい前から正体を隠して暴行を繰り返し、警察から追われていた。ターゲットは元暴力団や暴走族で、世間では義賊扱いされ「ダークナイト」と呼ばれるちょっとしたヒーローになっていた。暴行を始めたきっかけは親友の妹が刃物で刺され殺されたためで、親友に代わってその犯人を半殺しにした。なぜこの一回で暴行を止めなかったかといえば、ヒーロー扱いされたことが心地よかったことがあるらしい。
甲斐の父親の警察庁次長は、右京の存在が大きな壁になっていて、嫉妬にかられた甲斐は「ダークナイト」になり、右京を出し抜き優越感に浸ろうとしたのではないか、などと説明した。「ダークナイト」の存在は新聞記事になり、右京はそれを読んでいるのだが、まさか甲斐だとは全く気付かなかった。そして「ダークナイト」の成りすましが現れたことが事態を急展開させる、というのが最終回だった。
放送終了後ネットでは、取ってつけたような展開が続き、矛盾だらけだと批判が溢れた。そもそもこの3年間の放送のなかで、甲斐が犯罪を犯しているイメージすら全く感じさせていない。しかも、天才的頭脳を持つとされる右京が3年間も一緒に仕事をして土壇場まで見抜けなかったというのも無理がある。また、これまで悪を追い懲らしめてきた甲斐の行動とは何だったんだ、といった様々な疑問が出ている。
「相棒というタイトル否定じゃん」
「あのさぁ・・・今後、カイト編の再放送どんな気持ちで見たら良いの・・・？」
「いっそのことカイトには死んで欲しかった。あの3年間は一体何だったんだよ」
などといった不満が漏れた。また、今回の最終回で右京が無能さを曝け出したことに注目し、新シリーズではマンネリが解消され新しい右京を見ることができるかもしれない、などと感想を述べる人もいた。そして成宮さんに代わり、シーズン14からは誰が水谷さんの4代目相棒になるのかも話題となっている。一部報道では織田裕二さん、稲垣吾郎さん、仲間由紀恵さんなどの名前が候補として挙げられている。