便利だった「東京駅発着」も減り...
東海道線ユーザーの苦悩は、それだけではない。これまでは東京駅発着だったため、1本見送れば高確率で座ることができたのだが、東京駅始発が激減したことで、座ることも難しくなってしまった。また、終点が東京駅でなくなったことで「乗り過ごしの恐怖」も増したことだろう。
ツイッターでも「上野東京ラインふざけんなああああ！！東京駅が始発じゃなくなったせいで座れなくなったじゃねぇかあああああ！！！！」（下り利用者）「東京駅が終電だったから、寝過ごしもなかったし...。この電車は高崎まで行くそうだ、、」（上り利用者）と、怒りや悲しみをぶつけている利用者がいる。
見慣れない行き先に戸惑う声も少なくない。「上野東京ラインの終点が全くわからない。伊東ってどこ？」「今まで東京だったのが、古河とか高崎とかになってて...本当にこの電車でいいのか悩んだ」(ツイッターより)。さらに東海道線のホームには「湘南新宿ライン」も停車する。始発駅、終着駅は上野東京ラインと共通するが、経由駅が異なるので、これがさらに混乱を招いてしまう。
ダイヤ乱れが起きた際には広範囲での遅れが生じることが懸念されており、そうなれば多くの利用者に影響が出るだろう。上野東京ラインの開通は、歓迎できることばかりではなさそうだ。