早稲田大学の鎌田薫総長は2014年10月7日会見し、理化学研究所の小保方晴子研究ユニットリーダー（31）が同大に提出した博士論文の不正行為について、学位規則で学位取り消しの要件に該当するとの見方を示した。
小保方氏が所属した先進理工学研究科についても「論文指導、審査過程に重大な不備、欠陥があった」と認定。ただし今後1年以内をめどに改めて論文や研究倫理の指導などを受けて論文を再提出し、博士論文として適切だと認められれば、学位は維持される。
調査委員会の結論を覆す
早大の学位規則では、第23条に
「本大学において博士、修士または専門職学位を授与された者につき、不正の方法により学位の授与を受けた事実が判明したときは、総長は、当該研究科運営委員会および研究科長会の議を経て、既に授与した学位を取り消し、学位記を返還させ、かつ、その旨を公表するものとする」
とある。早大の調査委員会が7月に発表した調査結果では、論文に不正はあるものの、学位取り消しの要件である「不正の方法により学位の授与を受けた事実」までは認められないとしていた。だが、早大は
「研究者としてわきまえるべき基本的な注意義務を著しく怠ったものであり、これによって最終的な合否判定が行われた」
として、小保方氏が「不正の方法により学位の授与を受けた事実」があったと認定。調査委員会の結論を覆した。
早大は不適切な指導の責任を問い、主査を務めた指導教員に停職1か月、副査だった教員に訓戒の処分を決めた。これに加えて、鎌田総長は役職手当の20％5か月分を返上し、当時の研究科長は役職手当の20％3か月分相当額を返上する。