理化学研究所の小保方晴研究ユニットリーダーらが作成したと主張しているSTAP細胞は、別の万能細胞である胚性幹細胞（ES細胞）に酷似しているとする分析結果を理研の統合生命医科学研究センター（横浜市）の遠藤高帆上級研究員が論文にまとめ、2014年9月21日、日本分子生物学会誌「Genes to Cells」（電子版）に掲載された。
遠藤氏は、小保方氏がSTAP細胞のものだとして公開していた遺伝子データを改めて分析。その結果、ほぼすべての細胞に8番目の染色体が通常の2本より1本多くなる「トリソミー」と呼ばれる異常があったことが判明した。トリソミーを起こしたマウスは胎児の段階で死んでしまうが、小保方氏は生後1週間のマウスからSTAP細胞を作成したと主張していた。トリソミーはES細胞培養の際によく起こる現象として知られており、遠藤氏は、小保方氏らがSTAP細胞だと主張する細胞には、ES細胞が混入した可能性が高いとみている。
遠藤氏は14年6月の時点でこれらの矛盾点を指摘していたが、改めて査読論文にまとめて発表した。