本来なら放送できない作品でTVで見れたのは奇跡
エヴァファンが最も気にしていたのが前半部分で流れるはずだった、主人公・碇シンジの自慰シーンだ。映画では手に精液がべっとりと付いた様子が大写しになるが、その部分も削除された。碇シンジを演じた声優の緒方恵美さんは海外にいて、フォロワーから、自慰シーンは別の画像に変えられていた、と告げられると、ツイッターで、
「なにっ！…ホッとしたような、さみしいような、、、(オイ←」
と呟いた。画像は静止画に変えられたけれど、声だけは流れていたと知らされて、
「えっ。声は、でたの…！？」
と驚いていた。
全体的には首や手が千切れたり吹き飛んだり、エヴァが敵に食われ内臓を引き摺り出されるといったグロテスクな表現や、光が激しく点滅するシーンを中心に削除したようだ。しかしなぜか、14歳の少女(アスカ・ラングレー)の裸や、主要キャラのセックスシーン、性器を模った画像などは普通に放送されていた。
ネットでは、こんな不完全な映画など見る価値がないし、まるで日テレがDVDを買うかレンタル店で借りるように仕向けた放送なのではないか、などと感想を述べる人もいる。一方で、この大ヒット映画が公開から17年もの間、キー局で放送されなかったのは「放送できるような内容ではない」からで、こんな形になってしまったけれどテレビで見ることができたのは奇跡のようなものではないか、と感じている人もいた。