理化学研究所（理研）の発生・再生科学総合研究センター副センター長で、STAP細胞論文の共著者の笹井芳樹氏が2014年8月5日に自殺した。理研はこの日開いた会見で、首をつっていたこと、現場で遺書が3通発見されたことなどを明かした。
論文の疑義が明らかになってから、笹井氏はスキャンダルめいた報道も含めて糾弾されてきた。とりわけ7月27日に放送された「NHKスペシャル 調査報告 STAP細胞 不正の深層」は、特に笹井氏とSTAP細胞の研究との関わりについて厳しく取り上げたものだった。
「東京は雪で、寒々しております」小保方氏に送ったメールも公開
笹井副センター長（14年4月撮影）
番組は、多くの専門家らに話を聞きながら「研究不正の深層に何があったのか」に迫った。
放送開始から24分経過した頃、「エリート科学者 問われる責任」と題されたパートが始まった。
小保方晴子ユニットリーダーは12年4月から、英ネイチャー、米セル、米サイエンスと名だたる科学雑誌にSTAP細胞論文を投稿したが、「全体的にプレゼンテーションのレベルが低い」「ES細胞が混ざっているのではないか」などと専門家に指摘され、掲載されなかった。
ところが12年12月に笹井氏が論文作成に加わってから事態が一変した。小保方氏に画像やグラフの作成を次々と指示し、4月に投稿した論文から40近くも増やした。13年3月にネイチャーに投稿した論文には、編集部から「審査した専門家も編集部も大きな可能性を感じています。いくつかの問題に答えられれば掲載を検討します」との連絡があったという。
番組では小保方氏と笹井氏がやり取りしたメールの内容まで紹介していた。笹井氏からは「小保方さん 本日なのですが、東京は雪で、寒々しております」「小保方さんとこうして論文準備が出来るのを、とても嬉しく楽しく思っており、感謝しています」といったメールが送られていたようだ。