STAP細胞論文の共著者で、理化学研究所の発生・再生科学総合研究センター（CDB）副センター長の笹井芳樹氏が2014年4月16日会見し、論文に対する疑惑について、「シニアな共著者として心痛の極み」などと陳謝するとともに、「生データやノートを見る機会がなかった」として、「改ざん」や「ねつ造」に気づくのは難しかった、とも語った。
論文に対する疑惑が発覚してから笹井氏が公の場に姿を見せるのは初めて。笹井氏は小保方晴子ユニットリーダーの論文執筆を指導する立場で、理研の調査委員会は、笹井氏について「研究不正行為を行ったわけではないが、その責任は重大」と結論づけていた。
「生データやノートを見る機会がなかった」
記者会見に臨む理化学研究所の発生・再生科学総合研究センター（CDB）副センター長の笹井芳樹氏
笹井氏の説明によると、小保方氏や山梨大・若山照彦教授が実験そのものや実験データの解析、図表の作成が終わった段階で笹井氏は論文プロジェクトに参加。小保方氏らが書いた文章の論理飛躍を指摘したり、論理構成を整理したりしたという。
執筆指導の段階で、「多くのデータは、すでに実験ごとに図表になっていた」こともあって、「生データやノートを見る機会がなかった」と釈明。
「文章全体を俯瞰する立場にあり、その責任は重大で申し訳ない」と陳謝したものの、調査委員会が認定した「改ざん」や「ねつ造」に事前に気づくことは難しかったとの見方を示した。