論文撤回は「『この現象は間違いです』と世界に発表することになる」
小保方氏によると、STAP細胞は200回以上作製に成功しており、自分以外の第3者も作製に成功したという。論文の撤回についても、「撤回するということは、そのオーサー（著者）が『この現象は間違いです』と世界に発表することになる」として、「結論が正しい以上、その（論文を撤回するという）結論を世界に発表するのは正しい行為ではないと考えている」と明確に否定した。
不服申し立てを行った経緯については
「事実関係をよく理解していただかないまま不正と判定されてしまった。弁明と説明の機会を十分あたえてくださったならば、必ず間違いが起こった経緯を理解してもらえると思っている」
と説明した。いわば、小保方氏が改めて説明し、理研が事実関係を調査しなおせば「研究不正」の認定は覆るはずだという主張だ。