「捏造は理研の方だったのか！」
こうしたことから、一部からは、「捏造は理研の方だったのか！」、「意図的な自分達の主張を展開するためにしたのだから、これは報告書の『捏造』なのでは？」という意見まで出始めている。論文の「ねつ造」を調査した理研の報告書が、いつのまにか修正されるようでは、信ぴょう性に欠けるのではないかというわけだ。
さらに、今回の修正をきっかけにネットでは小保方氏を擁護する意見が息を吹き返している。小保方氏が「週刊新潮」（2014年4月10日号）の取材に対し、「大きな流れに潰されそう」、「大きな力が働いている」と明かしていたことから、「ミスをした未熟な研究者にすべての責任を押しつけて、腐った体質を隠蔽しようとする悪意のある力の存在を感じる人はすくなくないんじゃない？」、「若いのに、それまでの科学の常識を打ち破るような発見をしちゃうと、老人達は気に食わないだろうね」と支持者は声を上げる。
小保方氏は4月9日までに理研に不服申し立てを行い、前後して会見を開く意向だと代理人を通して明らかにしている。しかし、スポーツ報知の記事（4月5日）では、小保方氏は体調不良で、「入院してもいいですか？」と代理人にメールしているという。会見の中止の可能性もあり、まだまだSTAP細胞をめぐる混乱は長引きそうだ。