3年間で実験ノート2冊、データは私物PCにしか残っていない
調査委員会では博士論文関連の画像がSTAP細胞の論文に流用され、データが「ねつ造」されたと断定した
また、調査の過程で、3年間で実験ノートが2冊しか残っていなかった上、その内容も
「これだけ内容が断片的な記載で、実験が（事後的に）フォローできないというのは、私が数十人持った（学生の）なかでは経験がない」（石井俊輔調査委員長）
という代物だということが明らかになった。さらに、小保方氏は理研所有のデスクトップPCではなく、私物のノートPCを使用して実験データを記録していた。調査委員会では、私物PCに入っていた実験関連のデータは小保方氏から提供を受けたと説明しているが、PCそのものの引き渡しは受けることはできなかった。そのため、証拠保全の観点から大きな疑問が出ている。
理研が06年に定めた「科学研究上の不正行為への基本的対応方針」では、実験ノートや実験データを記録した電子媒体は「研究所に帰属」し、「論文など成果物の発表後も一定期間（特段の定めがない場合は 5年間）保管し、他の研究者らからの問い合わせ、調査照会などにも対応できるようにする」ことを求めている。この方針もまったく守られなかったことになる。この点について、川合真紀理事（研究担当）は「大反省」しなければならないと述べた。
この調査報告書に対して、小保方氏はコメントを発表。「驚きと憤りの気持ちでいっぱいです」と猛反発した。
「理化学研究所の規程で『研究不正』の対象外となる『悪意のない間違い』であるにもかかわらず、改ざん、ねつ造と決めつけられたことは、とても承服できません。近日中に、理化学研究所に不服申し立てをします」