理化学研究所の小保方晴子・研究ユニットリーダーが執筆した新型万能細胞「STAP細胞」をめぐる論文に画像の切り貼りやねつ造があったと調査委員会が認定した問題で、2014年4月1日、小保方氏は理研側と対決姿勢を鮮明にした。小保方氏は前日、弁護士をともなって「困惑した」様子で報告書の内容について説明を受け、1日には「とても承服できません」とするコメントを公表。不服申し立ての手続きに入るが、今後泥沼化する可能性もある。
理研としては調査報告書の内容を受け入れ、小保方氏からの不服申し立てを踏まえたうえで論文の取り下げを勧告し、懲戒委員会で処分を検討する。また、STAP細胞が存在するかどうかについては、今後1年間かけて再現実験を行い検証する。
「小保方氏によってなされた行為はデータの信頼性を根本から壊す」
会見冒頭「理研の研究者が発表した論文が科学社会の信頼性を失う地雷を引き起こした」と野依良治理事長（中央）が陳謝した
調査委員会では、小保方氏の論文に寄せられた疑問点のうち、大きく4点を調査。そのうち、2点について改ざんやねつ造といった「研究不正行為」が行われたと認定した。
1点目が、2枚の異なるゲルの写真が1枚に合成されていた点。ある写真の一部と切り取って1.6倍に拡大し、別の写真に張り付けていた。この点について、報告書では「T細胞受容体遺伝子再構成バンドを綺麗に見せる図を作成したいという目的性をもって行われたデータの加工であり、その手法が科学的な考察と手順を踏まないものであることは明白」だとして「改ざん」だと認定した。
2点目が、STAP細胞の論文の根幹部分の画像が小保方氏の博士論文と酷似している点だ。博士論文の画像は今回のSTAP細胞の論文とは全く違う文脈で使われている。このことから、調査報告書では
「このデータは STAP 細胞の多能性を示す極めて重要なデータであり、小保方氏によってなされた行為はデータの信頼性を根本から壊すものであり、その危険性を認識しながらなされたものであると言わざるを得ない」
として「ねつ造」だと断定した。