「品性のなさが酷い」と批判の声も
両誌共通のエピソードもある。高校時代、バレー部のマネージャーをしていた小保方氏が、交際していなかった男性部員について「付き合っている」と吹聴していたという証言を「妄想リケジョ伝説」（文春）、「エア彼氏」（新潮）として紹介し、プライベートな話を今回の騒動に結びつける。
文春、新潮両誌とも報道の中身がどこまで本当かは分からないが、小保方氏の個人攻撃にも近い書き方だ。
他誌でも「『第2の森口』『科学界の佐村河内』とまで指弾されて オボちゃんはなぜ『やっちまった』のか」（週刊ポスト）、「小保方晴子さんを踊らせた『ケビン・コスナー上司』の寵愛」（女性セブン）などと疑惑や内実を追及して盛り上がっている。
一連の騒動が世間の関心を集めていることは間違いなく、不正が意図的であったとすればバッシングも免れられない。だが、週刊文春をはじめとする週刊誌のこうした報道ぶりには疑問の声も出ている。インターネット上では、
「有名週刊誌による小保方さんへの人格攻撃が始まった」
「まるで親の仇への如きこき下ろしが、下衆な感覚満載で流石に気持ち悪い」
「週刊誌の小保方さん叩きの品性のなさが酷い。吐き気を催す」 「小保方さんをしゃぶりつくそうとしている」
といった声が多々あがっている。
経済学者の池田信夫氏も、
「週刊文春はSTAP細胞の疑惑にはほとんどふれないで、男女関係のゲスの勘ぐりばかり。オヤジの関心は、そこしかないのか」
とツイッターでコメントしている。