米ニューヨークタイムズ電子版は2014年3月2日付で、「安倍氏の危うい修正主義」と題した社説を掲載した。ここでは、1937年の旧日本軍による南京大虐殺について、「安倍晋三首相やナショナリストたちが、（事件は）起きていなかったといまだに主張している」と書かれている。
菅義偉官房長官は4日の記者会見で、「首相がそのような発言をしたことはない」と社説の内容を否定。「日本政府の基本的な立場は、旧日本軍による南京入城後、非戦闘員の殺害、略奪行為があったことは否定できないというもので、安倍政権も全く同じ見解だ」としたうえで、ニューヨークタイムズに抗議したことを明らかにした。