内閣府の組織見直し論が政府・自民党で起こっている。内閣府は「首相直轄の政策実施機関」として、2001年の中央省庁再編で発足したが、次第に担当業務が膨らみ、設置当初の趣旨とかけ離れた存在になりつつあるためだ。
ただ、内閣府の業務を省庁に「移譲」することは、改めて省庁を再編する一大事業になる可能性もあり、簡単には進みそうもない。
担当する閣僚は9人、副大臣6人、政務官7人
内閣府は旧総理府、旧経済企画庁、旧沖縄開発庁の3府庁を統合し、旧総務庁、旧科学技術庁、旧国土庁の一部業務も加えた巨大官庁。その任務は「重要政策に関する内閣の事務を助ける」「首相が管理することがふさわしい行政事務の円滑な遂行を図る」（内閣府設置法）と定められている。要は、複数の省庁にまたがる重要政策の企画・立案と総合調整ということ。このため、そもそも多くの課題を次々に抱え込む傾向がある。
実際、経済財政諮問会議の運営から宇宙、防災、沖縄振興、北方領土問題、消費者問題、少子高齢化対策、犯罪被害者対策、自殺対策、アルコール健康障害対策、栄典、NPO（非営利組織）まで所管政策は多岐にわたり、それらを担当する閣僚は9人、副大臣6人、政務官7人にのぼる。最近でも、新藤義孝総務相に、兼務の地方分権改革担当相に加え国家戦略特区担当相の肩書もついているといった具合。内閣府の組織改廃は行われていないが、政権が代わるたび、「目玉政策」として次々に追加されてきたということだ。
内閣府が各省庁の「隠れみの」になっているとの指摘もある。例えば原子力損害賠償支援機構を管轄する「同機構担当室」は内閣府に置かれた組織だが、実際の部屋は経済産業省内にあり、職員の大半も経産官僚。「政治的配慮から、各省庁が直接所管しにくい業務もある」（政府関係者）との声も聞かれ、こうした事情が内閣府を肥大させている面がある。