大学が出題ミスを認めて文部科学省に報告しても、ウェブサイトで受験生に公表されない「隠れ出題ミス」は、全国でかなりの数にのぼる。加えて、大学側がミスだと認めない問題の中にも、かなり「きわどい」ものがある。
大学側はミスを認めない根拠として、問題が教科書の記述に基づいていることを挙げるが、その教科書の記述の妥当性が揺らぎかねないケースもある。広義の「隠れ出題ミス」は、さらに多いと言えそうだ。
教科書の不正確な時系列がそのまま出題される
例えば立命館大学で2013年度に7学部の選択科目として行われた日本史の問題では、
「藤原氏を生母としない後三条天皇が即位すると、【D】は関白を弟に譲って、宇治に引退した」
と、空欄に最も適切な人物名を埋めさせる問題が出た。出版社や予備校が出す問題集では藤原頼通（よりみち）が正解だとされているが、参考書などで知られている時系列は以下のとおりだ。
・1067 年 12 月 5 日 藤原頼通が関白を辞する
・1068 年 4 月 16 日 藤原頼通が宇治殿に隠遁
・1068 年 4 月 17 日 藤原教通を関白とする
・1068 年 7 月 21 日 後三条天皇が即位
つまり、設問の文章は後三条天皇の即位と【D】が関白を辞する時系列が逆で、【D】に藤原頼通を入れると論理的に成り立たないことになる。だが、大学側は、全国の高校で広く使われている山川出版社の日本史Bの教科書に
「1068年（治暦4）年、藤原氏を生母としない後三条天皇が即位し、藤原頼通は関白を弟の教通に譲って、宇治に引退した」
と、設問とほとんど同じ記述があることを根拠に、出題ミスではないという立場だ。出題意図については、
「具体的な日付というよりも、流れとして教科書の記載を理解しているかを問う問題」
と釈明している。
同様の問題は、13年度の立教大学の日本史の問題でも起こっている。問題では、「正しくない」ものを選ばせる選択肢の中で、
「イギリスが強大な軍事力で南京条約を結び、上海など5港を開港させ、香港島を奪ったことを知った幕府は、この法令（編注：異国船打払令）を緩和した」
というものがあった。問題集では、この選択肢は「正しい」とされていたが、南京条約の内容が日本に伝わったのは1843年7月なのに対して、異国船打払令が緩和されたのは1年近く前の1842年8月だ。やはり、時系列が不正確な記述になっている。
教科書会社「事象間の時間的な前後関係等で誤解を招かないよう」引き続き検討
入試の出題ミスや参考書の誤記・誤植を指摘している、塾講師でつくる「全国入試問題研究会」（福岡市）では、大学に対して出題ミスの可能性を指摘したが、大学は、
「（問題文の）記述は、高校教科書および辞書等で用いられている記述をふまえたものです。受験生はこれらの高校教科書および辞書等を使って学習しており、受験生の判断にも不都合な点は生じていないものと考えております」
として、やはり教科書の記述を根拠に出題ミスを認めていない。
ただ、同研究会は、大学側が拠り所とする教科書の記述が不適切だとも指摘している。教科書会社は、
「著者の先生方と編集部で内容を検討した上で、適切な記述となるよう修正を致します」（清水書院）
「事象間の時間的な前後関係等で誤解を招かないよう、当該部分の記述のあり方については、引き続き検討をしていきたく存じます」（東京書籍）
などと回答しており、今後、教科書の内容が書き換わる可能性も出てきた。