2010年発生した尖閣諸島沖での中国漁船衝突事件で、当時の仙谷由人官房長官が菅直人首相の意向を受け、逮捕された中国人船長の釈放を働きかけていたと2013年9月23日、報じられた。仙谷氏が時事通信のインタビューで明らかにし、産経新聞も24日、同様の内容を報じた。
報道によると逮捕の報告を受けた政権内では、岡田克也外相（以下、いずれも当時）や前原誠治国土交通相らが厳しい対応を主張した一方、仙谷氏や菅首相はAPEC首脳会議の開催を控えていたこともあり、早期解決を望んでいた。仙谷氏は法務事務次官に対し、船長釈放の要望を伝えたほか、外務省官僚を事件を担当した那覇地検に派遣するなどしたという。
当時、菅首相らは釈放を「検察同時の判断」と述べていた。