佐渡沖海底では4月以降に試掘
レアアース（希土類）もある。3月21日、独立行政法人海洋研究開発機構と加藤泰浩・東大教授の研究チームが東京都・南鳥島沖の深海に大量のレアアースを含む泥が堆積していて、海底から浅い場所で、泥に含まれるレアアースの濃度が、中国の鉱山の30倍超に達すると発表。沖縄県・久米島沖では独立行政法人産業技術総合研究所の調査船が、熱水（マグマに温められた熱い湯）が海底で温泉のように噴出しているのを発見した。通常、熱水の周囲にはレアアース等の資源があることが多く、期待を集めている。
新潟県・佐渡島沖では100平方キロ以上の海底に石油か天然ガスが埋蔵されている可能性があるとして、4月以降、試掘作業が始まる見込み。
このほか、沖縄や東京都・小笠原諸島の周辺には金、銀、銅、亜鉛、鉛などの貴金属、重金属を含む熱水鉱床の存在が分かっている
やや古い数字だが、日本プロジェクト産業協会（JAPIC）が2008年にまとめた海底資源の推定埋蔵量は、▽熱水鉱床の金や亜鉛などの原鉱石7億5000万トン▽コバルト・リッチ・クラスト（海底の岩石を覆う厚さ数ミリ～十数センチのアスファルト状の酸化物の層）のマンガン、ニッケル、チタンなど24億トン▽メタンハイドレート12億6000万立方メートルなど。