公的支援を受けて業績が回復した日本航空（JAL）が法人税の減免を受けていることを問題視している自民党は、減免措置の見直しを検討することになった。税制調査会の野田毅会長が2013年1月10日に記者団に明らかにした。減免は会社更生法が適用された企業に対する特例措置のひとつで、全日空（ANA）などから「競争環境をゆがめる」との批判が出ている。JALのスピード再生を「民主党政権の数少ない成果」と評価する向きもあることから、自民党でもANAの主張に賛同する議員が多いとされる。
一方のJAL側は、
「先進国で一般的な制度で、特別JALが優遇された訳ではない」(12年10月23日、稲盛和夫名誉会長)
といった反論を繰り返している。
太田昭宏国交相は1月11日の会見で、「ことは税制全般に関わる問題」と、慎重な姿勢を示している。