国土交通省は2013年1月9日、12年12月に天井板崩落事故が起こった山梨県の中央自動車道・笹子トンネルの上り線を緊急点検した結果、つり天井を固定するアンカーボルトが抜け落ちたり、ゆるんだりする不具合が計1211箇所で見つかったと発表した。不具合の内訳は、アンカーボルトの欠落、脱落などが1028箇所、つり金具ボルトの欠落、脱落などが52箇所、受け台ボルトの欠落、脱落などが6箇所、トンネル上部のコンクリートのひび割れが125箇所だった。
中日本高速道路はこの日、1月11日から天井板撤去やはく落対策などの工事を開始し、早ければ2月下旬にも開通させると発表した。
笹子トンネルは事故直後に行われた下り線の点検でも、670箇所の不具合か見つかっていた。