東日本大震災の復興予算が、被災地以外で使われているケースが次々と明らかになっている。読売新聞（2012年10月7日付）によると、復興予算の対象事業のうち、文部科学省の「国立霞ヶ丘競技場災害復旧事業」など8事業について、衆院決算行政監視委員会で所管省庁から事情を聴取したところ、財務省の「国税庁施設費」（2011年度第3次補正予算で12億円）が「震災時の業務継続のため」として、全国の税務署の改修などに充てられていたことや、法務省の「被災地域における再犯防止施策の充実・強化」（同3000万円）は、北海道と埼玉県の刑務所での職業訓練に使われていたことが判明した。
また、農林水産省が22億8400万円を投じて11年度に実施した「鯨類捕獲調査安定化推進対策」事業も、反捕鯨団体の妨害対策や調査捕鯨の資金不足の補てんに充てられていた。
10月6日付の朝日新聞は、全国の官庁施設約100か所の耐震補強などに約120億円使われ、来年度予算でも60億円要求されていると報じた。