これまでのような食感や風味を出せない
5月以降もユッケ提供を続けてきた数少ない店の中には、今回の新基準施行で販売を断念した店もある。
都内に8店舗を展開する「焼肉DINING太樹苑」では2011年9月30日、「厚生労働省の規格基準によりご提供が困難になりました」として、しばらくの間ユッケを始めとした牛肉の刺身類の提供を見合わせると発表した。
太樹苑では5月以降も、従来の指針を満たす形でトリミングを行い、ユッケの提供を行ってきた。しかし厚労省の掲げる「85度、10分」の加熱を実際に試してみたところ、「この方法では、肉の細胞や水分に相当の影響を与えこれまでのような食感や風味を出せないという結論に至りました」という。そのため太樹苑では、食感・風味を損なわず、厚労省の基準と同等の効果がある加工・調理法が確立されるまで、ユッケの提供を取り止めるとしている。
また、安全基準が以前から確立されている「馬肉」を使ってユッケを提供する店もある。ユッケ騒動以前から「さくら（馬肉）ユッケ」を販売してきた焼肉チェーンの「情熱ホルモン」では、9月21日から「さくらユッケ安全宣言」としてセールをスタート。安全性を強調して売り出している。