ゴミ収集が滞っている場合は地中に埋める
ただ、クロバエは主に屋外で生活し、人間の居住空間にはあまり侵入してこないため、比較的リスクは低いとされている。それに対して、比較的感染症の媒介になるリスクが高いのが、人の生活に密接に関わって行動していることで知られるイエバエだ。もっとも、5月上旬に宮城県の被災地で採集されたハエからはイエバエは見つかってないないといい、6月の現地調査でイエバエの発生が確認される可能性がある。
センターでは、（1）炊き出しの際にハエが食品に止まらないように、大型の蚊帳を設置する（2）窓や扉に網戸を設置する（3）生ゴミを放置しない。ゴミ収集が滞っている場合は地中に埋める、といった対応を呼びかけている。
また、蚊については、今回の津波で出来た水たまりに塩分が多く含まれているため、産卵や発育は困難だという。ただし、「豪雨や梅雨で塩類が洗い流された場合には、幼虫類の発生源となる可能性が高くなります」と、やはりリスクは残る。バケツ、花立て、古タイヤ、空き缶などにたまった水を、週1回程度捨てることが対策として有効だ。