反捕鯨団体「シー・シェパード」の妨害行為を受け、南極海で行われていた調査捕鯨が途中で打ち切られることが決まった問題について、枝野幸男官房長官は2011年2月17日の記者会見で、
「はなはだ遺憾なことだと思っている。大変残念だが、乗組員の安全の確保という観点から、こういった判断に至った。まさに、乗組員の生命・身体に危険を及ぼす行動を取られている。そのことは遺憾を通り越して怒りを禁じ得ない」
と述べ、シー・シェパードを非難した。さらに、
「今後、こういう妨害に屈することなく、しっかりと認められた調査捕鯨が進められる構図をつくっていくためにどうしたらいいのか、農林水産省にとどまらず、省庁横断的に対策をつくりたい」
と、来年度も引き続き調査捕鯨を行う方向性を強調した。