東京大医科学研究所の中村祐輔教授らは2010年12月8日、朝日新聞などを相手取り、計2億円の損害賠償などを求める訴訟を東京地裁に起こしたと発表した。がんペプチドワクチンの臨床試験を巡る朝日新聞の記事で名誉を傷つけられたとしている。
中村教授らが問題視しているのは、10月15日付朝刊の「臨床試験中のがん治療ワクチン 『患者が出血』伝えず 東大医科研、提供先に」との見出しで報じた記事など。中村教授らは出血情報について、朝日記事は重大な副作用なのに同医科研が隠したという印象を与えるが事実は異なる、などと主張している。
朝日新聞社広報部は、「記事は臨床試験制度の問題点を被験者保護の観点から医科研病院の事例を通じて指摘したもので、確かな取材に基づいています」などとするコメントを出した。朝日新聞の医療サイト「アピタル」に医科研代理人からの書面に反論する回答を載せていることも明かしている。