日本へ抗議のため尖閣へ向け漁船出航
さらに、同じ11日には、沖縄本島の西北西、日本の排他的経済水域（EEZ）内で、海保の測量船に対し、中国政府の船舶が海洋調査の中止を要求する事案も発生した。また、台湾の団体が、日本への抗議のために尖閣諸島へ向け漁船で出航するなどの動きも見せている。
日本側は一時、駐日中国大使を呼び出すことも検討したが、事件としての船長逮捕と外交関係は切り離すよう主張してきたこともあり、見送った模様だ。そもそも、日本政府は尖閣諸島について「領土をめぐる問題は存在しない」立場だ。日本が領有権を有することは議論するまでもない、というわけだ。
9月13日の会見で、仙谷長官は、中国側の条約交渉延期発表について、「問題の筋が違う」と不快感を示しながら、「日中の未来志向の関係構築のためにぜひ早期に（交渉の場を）設定してもらえるよう、あらゆる機会をとらえて申し入れする」と語った。
9月12日付朝刊の段階で、産経新聞は「日本政府の『大人の対応』が中国側に『弱腰』と受け止められ、さらにつけ込まれる懸念がある」と指摘している。
日中両政府に冷静な対応を求める声は根強いが、9月13日に「中国船員14人帰国」と報じられると、ツイッター（Twitter）などインターネット上では、「弱腰過ぎる」「情けない」などの日本政府への批判も多数書き込まれた。