「調書の作成というのは、検事さんとの交渉なんですね」
「途中で『そうかもしれない』と思い、自信を持って否定できなくなる。『魔術』にかけられそうな怖さがありました」（朝日）
などと説明。「調書の作成というのは、検事さんとの交渉なんですね」（文春）とも表現している。供述調書の下書きには、自らが供述した内容と異なることが書かれていることも多く、「1ページ目のここは、私が言ったのはそういう意味ではなくて…」（同）といったやりとりが繰り返されたという。
ただ、「無理筋」の捜査で自らを164日の勾留生活に追い込んだ検察に対しては、
「無罪判決が出たら、控訴していつまでも争うのではなく、検察自身にどうしてこうなったのか検証して欲しいんです」
と要望するものの、
「検察は社会にとって大事な組織です」（文春）
とも指摘する。
会見では、「無実であることの証しとして、もう1回『いたはずの場所』に立ちたいという気持ちがある」と述べていた村木元局長だが、長妻昭厚生労働相は、9月10日、検察が控訴しなかった場合は、村木元局長を復職させる意向を明らかにしている。