行政刷新会議による「事業仕分け」第2弾が2010年4月23日、東京・日本橋の民間貸し会議室で始まった。初日の序盤では「前回に比べてトーンダウンしているのでは」との声が記者団から出たものの、この日の「本丸」である国際協力機構（JICA）への仕分け作業に入ると、「前回の仕分けの結果が反映されていない」などと独法側に対する厳しい追及が続いた。
「第2弾」で対象となるのは、47独立法人の151事業で、初日は9法人28事業が対象。前回の09年11月の会場は、体育館をパーティションで区切って3つの会場で作業が行われたが、今回は会議室を借り切って2会場で行われた。
仕分け人からは続々と批判の声
左から「仕分け人」蓮舫参院議員と、田島要衆院議員。手前は説明者（JICA）側
2会場あわせて240席の一般向け傍聴席が用意されたが、前回に増して関心度が高い様子で、仕分け会場は傍聴人であふれていた。前回の仕分け会場に比べて天井が低いこともあって、熱もこもりがちだった。入場制限も行われ、一時は100人以上が1階のエレベーターホールで足止めをされ、テレビ中継で仕分けに見入っていた。
2つある仕分け会場のうち、「仕分け人」蓮舫参院議員が登場した「ワーキンググループA」では、1コマ60分の仕分け作業が、6回にわたって行われた。「沖縄科学技術研究基盤整備機構」を対象にした1コマ目の作業の直後には、
「今回は、説明する担当省庁の方に対しても、『この先についてどうするのか』についてプレ事業仕分けの時に何度も言わせていただいているので、そこはぶつかるところにはならないのでは」
と、あまり議論が紛糾しないことを示唆していた蓮舫議員だが、2コマ目のJICAを対象にした仕分け作業が始まってみると、実際は違ったようだ。
このコマでは、人件費や所有する施設の整理統合について、前回の仕分け作業の結果がどの程度反映されているかを検証（フォローアップ）することが目的とされたが、仕分け人からは続々と批判の声があがった。
例えば、「航空運賃は、ビジネスクラスではなくエコノミークラスでの使用を基本にし、経費が8億1200万円減らせた」とするJICA側に対し、
「全体の航空運賃は111億4800万円（08年）。余り減っていないのではないか」
と反論され、「（給与とは別に支給される）在外手当が、ここ10年で3割減った」という主張に対しては、具体的な額を開示するように求める声が飛んだ。