0.3％の金利優遇は廃止へ
しかし、国からの出資金（09年度予算約6000億円）がなくなれば、現在「フラット35S」に適用している0.3％の金利優遇は廃止するしかない。金利優遇はなくなり、適用金利は上昇し、戸建て住宅やマンションがますます売れなくなる。
事業仕分けでは、「これがなくても買う人は買うし、買わない人は買わない」との意見が「仕分け人」からあったという。これに、あるマンション販売の幹部は「お金がある人の感覚ですよね。あれば買うし、なければ買わないのは当たり前。返済は大変だけれども、がんばって買おうという人を支援していくのが（国の）やるべきことじゃないんですかね」という。
一方、住宅機構は「事業そのものがなくなるわけではない」（広報グループ）と受けてとめているが、ある銀行関係者は「今回の出資金の予算削減は、機構そのものの見直しを示唆している」と、段階的な事業縮小を予測している。