両行の統合への熱意は薄らいでいる？
さらに、合併行のシステム開発を巡る主導権争いも激しいといわれる。新生銀が銀行界では珍しいウィンドウズベースのシステムをインドのIT（情報技術）企業を活用して開発し、コスト軽減を売り物にするのに対し、あおぞらはメーンフレームと専用線による従来型のシステム。新システムへの一体化には時間がかかるが、両行とも自行のシステムの有利性を主張し、調整が難航している模様だ。
金融市場が改善し、あおぞらの資金繰りも改善する中、両行の統合への熱意は薄らいでいるとされる。金融庁もヤキモキしており、金融界では「金融庁が両行への検査で厳しい結果を突きつけ、統合せざるを得ない状況に追い込むのでは」（邦銀幹部）との見方も出ている。