JR7社は連名で、「高速道路の原則無料化」の実施を見送って欲しいとする要望を2009年10月30日に前原誠司・国土交通省に提出した。
JR旅客6社の試算によれば、「無料化」の実施によって、6社全体で約750億円の減収が見込まれ、JR貨物でもさらに年間約40億円の減収が拡大されると見られている。また、フェリー会社、バス会社などの経営にも影響が及んでいるとして、「一定のバランスの上に成り立っている我が国の交通体系が大きく崩れる恐れ」を指摘した。
一方、CO2排出量も年間204万トン増加すると試算されており、「本施策を実施することについては、時代に逆行しているものと考えます」と主張している。