首相や官房長官の判断に基づき、自由に使えるとされる内閣官房報償費（官房機密費）についての民主党の姿勢が野党時代とは様変わりしている。機密費に関して、支払い記録の作成を求める法案を提出するなど、透明化へ積極的に動いていたが、政権交代後は機密費の存在自体をはぐらかすなど、あいまいな態度に終始しているのだ。
平野博文官房長官は2009年9月17日、記者会見で官房機密費について問われ、「そんなものがあるのですか。全く承知していない。承知していないからコメントできない」と話した。機密費の存在自体を否定した形だ。
民主党は01年に「機密費流用防止法案」を国会に提出
そもそも官房機密費とは、「国の事務、事業を円滑かつ効果的に遂行するため、機動的に使用する経費」とされ、情報公開法の対象外とされている。使用目的や金額なども明らかにされていない。02年度からは毎年約14億6000万円の予算が割り当てられ、ほぼ全て使い切られている。
以前からことあるごとに問題となっていて、2001年には当時の塩川正十郎財務相がテレビ番組の中で、宇野内閣の官房長官時代に官房機密費を「野党対策に使っていることは事実」と暴露。首相官邸の会計課長が管理し、常時4～5千万円用意していた、とした。ただ、国会で共産党議員に追及された際には発言自体を「忘れました」ととぼけた。
02年には、共産党が、宮沢内閣時代に官房長官だった加藤紘一氏が使っていたとされる「金銭出納帳」という官邸の内部文書を公表している。官房機密費の収支の一部がここに記載されており、野党だった公明党議員への「背広代」が計上されていたほか、加藤氏出身高校の同窓会費への支出や、ジャーナリスト・田原総一朗氏に「香典5万円」と記録されていた。
民主党は01年に外務省の要人外国訪問支援室長が機密費横領で逮捕されたのを受け、「機密費流用防止法案」を国会に提出。「機密費支払記録書」を作成し、特に機密性の高いものは25年、それ以外のものは10年経過したら公開することを義務化したもので、02年には当時の政調会長だった岡田克也氏も、
「官房長官が自分の判断で使用できる金額の内容を開示せず、不明瞭な状態を保っていることは極めて不十分であり、非常に不満に思う」
と発言していた。その後の05年の政策集にも同様の法案成立を公約に入れており、機密費の不透明さに対して、一貫して厳しい姿勢をとっていた。