長梅雨や低温の影響でコメの生育状況が思わしくない。コメ市況調査の米穀データバンクが2009年8月5日に発表した7月時点の09年産のコメ（水稲）作況指数予想は、「やや不良」の96となった。
田植え以降、気温が高く生育はおおむね平年並みに推移してきたが、7月の記録的な多雨、日照不足や、7月中旬から下旬にかけての低温によって生育が抑制されたことが原因。
地域別では、関東の作況指数は99と「平年並み」だが、東北や北陸、東海、中国・四国、沖縄は95～98と「やや不良」、北海道と九州は94以下の「不良」を見込んでいる。
都道府県別では、北海道と青森県、福岡県など10道県が94以下。豊作の目安とされる「やや良」が見込めるのは、103の宮崎県だけだった。
なお、08年産の全国作況指数（確定値）は102だった。