公式サイトにも、最終回を惜しむ声が続々と書き込まれた
実際、Q＆Aサイト「ヤフー知恵袋」には放送終了後さっそく、「けいおんが来週 最終回と予告で出ましたけど全13話ですよね？」（2009年6月12日）との疑問の声が出た。この質問に対しては、
「最終回のあとに番外編やるんだと思いますよ。TBSの番組表に終マークついてませんし」
「（別のアニメでも）22話が最終回となっていて、23話に特別編やって24話に総集編やりました。今度も同じような感じで、12話が最終回で13話が番外編なのでしょう」
との回答が寄せられていた。
一方、アニメ「けいおん！」の公式サイト内の掲示板にも、最終回を惜しむ声が2009年6月12日、続々と書き込まれた。その中には、「予定されてるはずの13話はいずこへ？」という書き込みもあった。これに対して、番組スタッフは、
「12話が最終回、13話が番外編となります！」
と答えている。ストーリーとしては実質12話が最終回というのが真相だった。