政府は2009年4月5日午前、「午前11時30分ごろ、北朝鮮から東の方向に飛翔体（ひしょうたい）が1発発射されたもよう」と、また「北朝鮮から発射された飛翔体は、11時37分ごろに太平洋へ通過したもよう」だと発表した。警察庁によると、国内で被害の情報は入っていない。
舞水端里（ムスダンリ）ミサイル発射基地から発射された飛翔体は3段式であると見ており、一つ目の落下物は秋田県西の280キロの日本海に落下と推定。その後飛翔体は秋田県と岩手県上空を通過。2つ目の落下物については当初、日本から東に1270キロの太平洋に落下したと推定されると発表したが、その後、落下地点は不明で、飛翔体の追尾を終了した日本の東2100キロまでの間には確認できなかったとしている。現時点で日本領土内への落下物は確認されておらず、 PAC3での迎撃など、破壊措置は行わなかったとのことだ。ミサイルか人工衛星かはわかっていない。
河村官房長官は正午ごろ開いた会見で「わが国の領域、周辺への落下物の有無を含め、案全確認の作業を継続するとともに、米国を始めとする関係国とも連携し、鋭意情報収集中」とし、「例え人工衛星であっても、国連安保理決議に違反するのでありますから、北朝鮮に対し、打ち上げの中止を強く求めてきた。それにも関わらず、北朝鮮が発射を強行したことは極めて遺憾であり、厳重に抗議する」と述べた。
韓国でも飛翔体の発射は確認され、朝鮮日報が報じたところによると、韓国政府当局者は「人工衛星と確認された」と語っているという。