総務省が放送局や携帯電話会社など電波利用の免許を受けた事業者から徴収した2006年度の電波利用料を全国11の総合通信局の職員のレクリエーションや備品購入などに使っていた事実が判明し、総務省は08年6月30日、支出の改善を求める指導を各総合通信局に行った。具体的には、（1）みかん狩りなどレクリエーションへの支出は今後行わない（2）備品や消耗品の購入は電波監視用など本来業務に限り、花や教材購入には用いない――など、当たり前と思える項目ばかりが並んだ。
マスコミなどに問題を指摘される前に、自ら改善策示す
さらに総務省は7月4日、テレコム先端技術研究支援センター、日本統計協会、統計情報研究開発センターの公益法人3団体の職員厚生経費について、独自の調査結果を発表。3団体とも職員の懇親会に職員厚生経費が支出されていた事実を認め、08年度から支出をとりやめたことを明らかにした。3法人の経費は電波使用料とは直接の関係はなく、総務省は「懇親会への支出はズバ抜けて規模が多いわけではなかった」と釈明しているが、「国民の目から見て、『おやっ』と思われるようなところは抜本的に見直した」と説明している。
総務省は「国民の目線」を意識して、マスコミなどに問題を指摘される前に、自ら改善策を示した形だ。電波利用料は本来、電波監視や技術試験、 研究開発などに充てられることになっているが、06年度は総合通信局の職員の野球観戦や映画鑑賞などに44万円、電波教室の教材の無線カー150台の購入 に10万円が使われるなどしていた事実が、先の通常国会で民主党の指摘などで発覚した。今回、総務省は「免許を受けた事業者の理解を得ることが困難と考えられるものがあり、支出の適正化を図る必要がある」と判断した。
民主党は4000万円の「不明朗支出」と追及
総務省が放送局や携帯電話会社などから徴収した電波利用料をめぐる疑惑は、5月20日の参院総務委員会で民主党が追及した。総務省は全国の総合通信局で職員の美術鑑賞やボーリング費用、野球のボール代などレクリエーションに06年度決算で44万円が使われていた事実を認め、増田寛也総務相は「法的な問題は別にして、国民の理解を得られない。支出の透明性を高めたい」などと陳謝した。
民主党は06年度の電波利用料の決算で、281件約4000万円の「不明朗」な支出があったと追及。民主党の矛先が、道路特定財源に続き、総務省の特定財源である電波利用料に向かうのではないかと一時は注目された。
06年度の電波利用料収入は地方だけで約50億円。本来、電波監視や研究開発などに充てられることになっているが、携帯電話の普及で収入が拡大。本来業務だけではカネを使い切れなかったとの疑惑が浮上していた。