南極海で捕鯨調査にあたっている日本鯨類研究所（日鯨研）の調査船に、米国の反捕鯨団体「シー・シェパード」の活動家2人が侵入した。この団体は水産庁や日鯨研から「テロリスト集団」と名指しされている。日鯨研は2人の身柄を受け渡す意向を伝えているが、今度は逆に「シー・シェパード」側が「テロリスト集団（日本側）と交渉することに興味はない」などと突っぱねた。あまりに荒唐無稽な主張に、水産庁の担当者も失笑するほかないといった様子だ。
「日本人の死傷者は出ていないが、それはたまたまだ」
第二勇新丸に対して劇物を投げ込んだ「シー・シェパード」のボート（日本鯨類研究所提供）
反捕鯨団体「シー・シェパード」の大型ゴムボートが2008年1月15日、南極海で捕鯨調査に当たっていた「第二勇新丸」に接近、劇物を投げ込んだほか、船内に活動家2人が侵入したことがわかった。水産庁などによれば、酪酸と思われる液体の瓶を投げ込んだり、プロペラに絡めることを目的にロープを流すなどの妨害行為を展開したという。
その後、「シー･シェパード」の豪国人と英国人の活動家2人が同船船内に侵入。暴力行為も想定されたことから、乗組員が一時的に活動家2名を保護し、両名を船内事務室に収容した。
豪政府から早期の釈放を要請されたこともあって、日本鯨類研究所は、活動家2名を安全に戻すため、「第二勇新丸」近くにいる「シー・シェパード」の船などを通じて、「第2勇新丸」まで2人の身柄を引き取りに来るよう求めているが、08年1月16日夕方現在までに同団体側から応答はないという。
水産庁遠洋課はJ-CASTニュースに対し、「シー・シェパード」のことを「テロリスト・グループ」とした上で、今回の妨害・侵入行為について「極めて遺憾。調査捕鯨活動は国際条約に基づく完璧に合法的なもの。妨害行為はやめていただきたい」と述べている。
「シー・シェパード」は、反捕鯨環境団体「グリーンピース」から離脱したメンバーで1977年に設立。捕鯨船への過激な抗議活動で知られ、一部では「グリーンピース」よりも「過激」といった指摘もある。
水産庁によると、07年2月にも調査母船「日新丸」に化学物質の液体入りの瓶を投げつけるなどして、乗組員2人に軽傷を負わせたほか、調査捕鯨船「海幸丸」をめがけて船ごと体当たりするなどした。また、ノルウェーの捕鯨船を沈没させた過去もあるという。水産庁は「これまでに日本人の死傷者は出ていないが、それはたまたまだ」と述べている。