「実際に、経営者はお客が減っていると感じている」
日本複合カフェ協会はJ-CASTニュースの取材に対し、
「『ネットカフェ難民』という言葉で多く報道されることによって、お店に来ることを控えるお客様が増えた。ネットカフェからオンラインゲームをしているときも、『難民が来た』などと名指しされて不快に思われるお客様がいるなど、マイナスのイメージを持たれている。またイメージを大事にする女性客が（ネットカフェを）小嫌いする傾向もあり、実際に、経営者の方はお客様が減っていると感じている」
と述べている。
また、同協会は、厚労省から「住居喪失不安定就労の実態に関する調査」に協力するよう要請されたが、客に対して「ネットカフェ難民」なのかを尋ねるような調査には応じられないとして、これを拒否している。
一方、厚労省職業安定局就労支援室は、同協会からの直接の抗議は受けていないとしているが、調査報告については、「国会で『ネットカフェ難民』についての実態を調査するよう指摘があり、そういった人たちがいるかどうかわからないというなかで調査したもの」と「公平・中立的に行政として対処した」としており、一方で07年7月に同協会が「ネットカフェ難民」という言葉の流布について危惧する声明を発表したことを受け、報告書の中で「ネットカフェ難民」という言葉を使わないように配慮したとしている。