朝日新聞社が2005年度までの3年間で400万円の所得隠しを含む約8億3,300万円の申告漏れを東京国税局から指摘されていたことが2007年5月30日、明らかになった。同日付朝日新聞朝刊によれば、追徴課税は約3億5,600万円。グループ企業や関連団体への出向社員の給与を朝日新聞社が負担し、グループ企業などは自社の規定による給与分を朝日新聞社に払い戻しているが、この一部を減額、免除した金額約2億6,000万円を未収入金だと指摘された。また、一部の地方総局に設置していた飲料の自動販売機の手数料収入を同社の収入に計上していなかった。さらに、販売関係の手数料についても4億1,000万円の申告漏れが指摘された。同社広報部は紙面上で、国税当局との見解の相違があるものの、指摘を真摯に受け止めると述べている。