石油連盟は政府が進める方式の問題点を指摘
しかし、これには「流通過程で水分が混入する危険性がある」として石油業界が反発している。石油連盟広報はJ-CASTニュースに対し、政府が進めようとする方式の問題点を次のように指摘する。
「ブラジルやアメリカでは、すでにこの方式で生産されたバイオ燃料を使っているが、生産が始まったのは1970年代。この方式だと、十分な設備を作ってやらないと、水分が混入してエンジントラブルが起こる危険がある。日本の消費者の要求度は高いので、しっかり体制を作らなくてはならない。（この方式で）やるのであれば2020～30年ぐらいを目処にすべきで、そうでないと消費者が不安を持つだろう」
ETBE配合のバイオ燃料だと、最初からエタノールと石油製品を混合させてETBEを生成するため、ガソリンに混合させるための流通過程で水分を含んでしまう可能性は低い。
しかし、環境省は、エタノールとガソリンを直接混合したバイオ燃料をつかった実証実験がうまく行っていることを挙げ「実験ではトラブルはなく、水分の混入によるエンジントラブルも聞いたことがない」と語り、問題がないことを強調し、この方式でもあくまで京都議定書を遵守したいとしている。